São compartimentos fechados por membranas associados a todas as vias endocitóticas. Esses compartimentos, denominados endossomos iniciais, são restritos a uma porção do citoplasma próximo à membrana celular onde vesículas originárias da membrana celular se fundem. A partir daí, muitas vesículas retornam à membrana plasmática. Entretanto, grandes núcleos de vesículas originários dos endossomos iniciais, viajam até estruturas mais profundas no citoplasma denominadas endossomos tardios. Esses últimos tipicamente amadurecem em lisossomos.